El software que incluyen los modelos de reproductores iPods comenzó por ser limitado en sus primeros modelos, así como también las extensiones y formatos que soportaría.

Con un soporte para WAV, AAC/M4A, AIFF, Apple Lossless y MP3 sería el primer reproductor de la saga estándar, aproximándose por estos tiempos y llegando a la quinta generación, se agregó la compatibilidad con el formato MPEG-4 y H.264 que se convirtieron en imprescindibles para cualquier dispositivo multimedia.

Su fundamental creación para la sincronización, organización, categorización, y copias de ordenadores al reproductor es el software iTunes, un complejo y apto centro de soluciones para realizar todo tipo de actividades con nuestro dispositivo, que van desde la copia de fotos, hasta la copia de calificaciones de canciones que podremos brindar en nuestro iPod.

En la zona de Juegos, podremos encontrarnos con 4 distintos tipos que intentarán completar al reproductor para cuando el ocio sea considerado, ellos son: "Music Quiz (Cuestionario Musical)", "Solitario", "Paracaídas" y "Brick" (clon del famoso Breakout).
Con sus limitados gráficos logran el objetivo de convertir al reproductor en un medio de entretenimiento temporal ideal para jugar en medio de viajes o cortas esperas.

La quinta generación de iPods (actualmente vigente) trae consigo la posibilidad de descargar nuevos juegos mediante la tienda iTunes y esa utilidad que permite además agregarle útiles softwares a nuestro dispositivo multimedia.

Se prevén actualizaciones de iTunes, así como también de cada componente, y para ello Apple desarrolla herramientas que con un simple clic y el iPod conectado al ordenador, todo sea completamente automático.